重庆商标注册不通过的风险主要包括以下几个方面：

　　商标查询盲区：商标注册前需要进行商标查询，以确保所注册的商标不存在相同或近似的在先注册商标。然而，商标局官方系统中的查询数据存在盲区，即最新提交的商标申请数据可能无法及时查询到，因此即使进行了商标查询，也不能保证所注册的商标一定不会存在相同或近似的在先注册商标。

　　商标审查员自由裁量权较大：商标注册申请的审查过程是由商标审查员进行人工审查的，因此审查员的主观判断和自由裁量权较大。不同的审查员可能对同一件商标的审查结果存在差异，因此即使申请人认为自己的商标符合注册条件，也不能保证一定能够通过审查。

　　商标近似的判断：在商标审查过程中，审查员需要对申请商标与在先注册商标进行近似比对。然而，近似比对的标准和判断方法存在一定的主观性和灵活性，不同的审查员可能对同一件商标的近似比对结果存在差异。

　　商标注册费用较高：商标注册需要缴纳一定的费用，如果商标注册申请被驳回，申请人需要重新提交申请，再次缴纳费用。此外，如果申请人需要对驳回的商标申请进行复审或诉讼，也需要缴纳相应的费用。

　　商标注册时间较长：商标注册申请需要经过多个环节，包括申请、审查、公告、发证等，整个过程需要数月甚至一年以上的时间。因此，即使申请人的商标最终通过了审查，也不能保证一定能够及时获得注册证书。